Pradinė mokykla Mosėdyje įkurta 1629 m., atkurta 1804 m. 1867 m. įsteigta valdinė pradžios mokykla. Visi dalykai dėstomi rusų kalba.
1919 m. mokslo metais pradėjo veikti jau lietuviška mokykla. Pradedama mokyti gimtosios kalbos, aritmetikos, geografijos, dainavimo,. Vėliau mokymo turinys dar labiau praplečiamas: dėstoma istorija, dailyraštis, darbeliai, piešimas, tikyba. Mokykloje mokosi 140 mokinių, daugiausia berniukų, nes dauguma tėvų įsitikinę, kad mokslo reikia tik berniukams.
1933 m. vasaros atostogų metu sudegė medinis mokyklos pastatas, ir naujieji mokslo metai prasidėjo privačiose patalpose: Butkaus name Gėlių gatvėje, Skersio name Skuodo gatvėje ir Joselio name Vytauto gatvėje. 1935 m. užbaigta naujos mokyklos statyba.
Jos fundatoriumi buvo Arkivyskupas Pranciškus Karevičius. Mokykla pastatyta pagal tipinį to meto pradinių mokyklų projektą: dviaukštė su klasėmis viename šone ir erdviu koridoriumi šiaurinėje pusėje.
Mokykloje buvo ypač ugdoma meilė ir pagarba savo tautai, pamokos pradedamos ir baigiamos maldomis.
1940 m. pradinės mokyklos patalpose įsikūrė karinis dalinys, o mokykla persikėlė į buvusias klebonijos patalpas. Mokykloje buvo 6 skyriai, dirbo 6 mokytojai. Susikuria pionierių organizacija, suaktyvėja popamokinė veikla.
1941-1944 m. buvo ypač sunkūs. Sumažėjo mokinių skaičius, nes tėvai neturėjo kuo aprengti ir apauti vaikų – viskas pagal korteles. Daugelis vaikų vėl išėjo ganyti gyvulių pas svetimus.
1945 m. Mosėdyje pradėjo darbą Skuodo vidurinė mokykla, per karą netekusi savo pastato, ji įsikūrė Naujukų kaime, Zūbienės Skaros namuose.
Mosėdžio pradinės mokyklos patalpose – lauko ligoninė, o jai išsikėlus, čia iš Naujukų kaimo persikėlė Skuodo vidurinė mokykla. Mosėdžio pradinės mokyklos mokiniai mokėsi šalia esančiame valsčiaus pastate ir buvusioje klebonijoje. Tose patalpose po gaisro sunaikinusio pradinės mokyklos pastatą, prisiglaudė ir Skuodo vidurinė mokykla.
1948 m. Skuodo vidurinei mokyklai išsikėlus į Skuodą, Mosėdyje liko ne tik pradinės, bet ir 1-4 vidurinės mokyklos klasės kurios vėliau peraugo į pilną vidurinę mokyklą.
Pirmoji abiturientų laida vidurinę mokyklą baigė 1954 m. Šiai laidai vadovavo mokyt. J. Jurevičius.
1963 metais Mosėdžio kolūkio lėšomis buvo pastatyta mokyklos sporto salė.
1966 metų gruodžio mėnesį mokykla pradėjo dirbti naujose patalpose.
1985 m. rugsėjo 1-ąją vyko naujosios, dabartinės mokyklos atidarymas. Mokinių patogumui – erdvios sporto, aktų salės, biblioteka, valgykla, turtingi kabinetai. Mokytojo D. Derkinčio rūpesčiu gražiai sutvarkyta ir apsodinta mokyklos teritorija.
Mūsų mokykla visada, net pačių didžiausių istorinių sukrėtimų metais, buvo tie gerieji namai, kuriuose prabėgo patys šviesiausi metai. Žinias ir meilę vaikams per ilgą mokyklos istoriją dalijo daugybė mokytojų, o mokyklos vairą savo rankose tvirtai laikė savo darbui atsidavę mokyklos vadovai:
- Adolfas Nezabitauskas – 1948 – 1949 m.
- Vaclovas Pocevičius – 1949 – 1950 m.
- Zigmas Elijošius – 1950 – 1952 m.
- Jonas Matulis – 1952 – 1955 m.
- Pranas Augutis – 1955 – 1967 m.
- Petras Rudys – 1967 – 1969 m.
- Juozas Jurkšas – 1969 – 1995 m.
- Feliksas Liaučys – 1995 – 1998 m.
- Audronė Pitrėnienė – 1998 – 1999 m.
Nuo 1999 metų mokyklai vadovauja Audronė Šverienė.